Les révoltes et troubles "révolutionnaires" se multiplient dans la capitale à la fin du Moyen Âge. Durant ces périodes troublées, les rois apprécient le refuge de Vincennes, proche mais hors des limites de cette ville turbulente.

Étienne Marcel (1356-1358), prévôt des marchands qui, avec Robert le Coq, représentait la bourgeoisie aux états généraux de 1355 et 1356, contribua à imposer au Dauphin (le futur Charles V) la grande ordonnance de 1357 (qui prévoyait le contrôle des subsides par les états), un conseil adjoint au Dauphin et le renvoi des conseillers de Jean II. N’ayant pas réussi, Étienne Marcel choisit la voie de l’insurrection à partir du 22 février 1358 : le palais fut envahi par les insurgés, qui assassinèrent deux conseillers et obligèrent le Dauphin à promulguer la grande ordonnance de 1357. Le roi s’enfuit et les tentatives d’Étienne Marcel pour rallier la province à son mouvement échouèrent. Il s’allia Charles II le Mauvais (roi de Navarre 1349-1387) et périt assassiné en 1358 par un partisan du Dauphin.

La révolte des Maillotins (1382-1383) partit d’un mécontentement fiscal et aboutit à une révolte de toute la bourgeoisie qui ferma l’accès de la ville aux agents du roi pendant plusieurs mois. En représailles, Paris resta désarmé et privé d’institutions municipales jusqu’en 1412. Les privilèges de la hanse des marchands de l’eau et la prévôté des marchands furent supprimés.

Le mouvement des Cabochiens (avril-août 1413) fut lancé par le duc de Bourgogne Jean sans Peur dans le cadre de la guerre civile des Armagnacs et des Bourguignons. Il porte le nom d’un valet écorcheur, Simon le Coustelier dit Caboche. Cette insurrection populaire fut relayée par un courant réformateur animé par des théologiens et des juristes, qui s’attela à la réforme de l’État et rédigea une ordonnance cabochienne qui ne fut jamais appliquée.
Après l’entrée des Bourguignons dans Paris en 1418, la ville demeura ruinée sous domination anglo-bourguignonne jusqu’en 1436, date de son ralliement à Charles VII.

La méfiance des rois

À partir des années 1445, la prévôté des marchands ést tenue non plus par les représentants des marchands et maîtres de métiers, mais par des officiers royaux, (gens de justice ou de finance).
Les rois se méfient de cette ville turbulente qu’ils désertent pour longtemps, bien qu’elle reste officiellement capitale du royaume, notamment grâce à l’action de Charles VII qui y rétablit l’administration centrale.