Bien qu’il ne puisse être considéré à strictement parler comme une encyclopédie, en raison des découpages très personnels que l’auteur a opérés dans le champ historique du savoir universel, le Dictionnaire de Bayle (1647-1706) occupe une place de marque dans l’histoire de la pensée encyclopédique entre âge classique et siècle des Lumières.
Les articles biographiques dont il est constitué, consacrés à un choix de grandes figures qui scandent l’histoire du savoir et de l’humanité, sont, en règle générale, formés de deux parties : la première délivre une information historique ; la seconde est faite de remarques critiques et de réflexions diverses, qui permettent d’élargir considérablement le propos initial de l’article. Par ce contournement qu’elles autorisent, la forme biographique et la disposition alphabétique du dictionnaire tendent à ouvrir — à défaut de couvrir — l’espace intellectuel d’une encyclopédie, confondue avec le mouvement historique de la pensée. Les longues remarques personnelles qui ponctuent cet ouvrage révèlent un esprit singulier et libéral. On y trouve un souci constant d'objectivité et de tolérance et un plaidoyer passionné pour « les droits sacrés de la conscience ». De longs articles sont consacrés aux minorités et aux « calomniés de l'Histoire ».