« Observez la nature, et suivez la route qu’elle vous trace », tel est le principe de l’Émile, dont les cinq livres développent chaque étape d’une éducation idéale allant de la petite enfance à l’âge adulte. Son système s’oppose à la tradition : il préfère l’expérience et l’observation aux livres (à l’exception de Robinson Crusoé), prône le travail manuel et les exercices physiques, met l’enfant au centre d’un processus éducatif qui respecte sa personnalité et sa liberté intérieure, lui permettant de devenir l’homme accompli dont la société a besoin. À travers cette description de la formation d’un être humain accompli, Rousseau donne la version la plus achevée de la philosophie ; c’est l’Émile qui contient aussi la Profession de foi du vicaire savoyard. Jugé impie et dangereux, l’ouvrage fut condamné par les autorités civiles et religieuses. Néanmoins, les nombreuses éditions, contrefaçons et traductions contribuèrent à répandre à travers l’Europe les idées de Rousseau.

Rousseau eut lui-même cinq enfants avec Thérèse Levasseur, tous confiés à l'assistance publique. Il revient dans ses confessions sur des fautes bénignes mais très peu sur le sort de ses enfants : « Le parti que j’avais pris à l’égard de mes enfants, quelque bien raisonné qu’il m’eût paru, ne m’avait pas toujours laissé le cœur tranquille. En méditant mon Traité de l’Éducation, je sentis que j’avais négligé des devoirs dont rien ne pouvait me dispenser. »
(Les Confessions, Livre XII)