Une partie de l’œuvre de Buffon est consacrée à la description du Cabinet du roi, qui constituait à l’origine le cœur du projet. Le cabinet reçoit une très grande variété d’objets, qu’il faut classer, mais aussi conserver à long terme : des graines, des spécimens d’animaux, qui sont conservés dans des bocaux de formol, des plantes mises à sécher dans des herbiers, des squelettes, ou des dépouilles d’animaux traitées par des taxidermistes. Ces spécimens jouent un rôle fondamental dans la connaissance que les rédacteurs avaient des animaux qu’ils décrivaient. La notice 1537 du catalogue du cabinet fait ainsi état d’« une peau de zèbre, montée sur un modèle en plâtre, de grandeur naturelle. [...] C’est la peau du zèbre qui a servi de sujet pour la description de l’animal ; après que cette peau fût enlevée, on la fit passer par un chamoiseur ; et avant qu’elle fût desséchée, M. Potet, sculpteur, forma un modèle en plâtre sur une carcasse de fer, suivant la proportion du zèbre vivant, et dans l’attitude représentée ».