La bibliothèque de Bouvard et Pécuchet (cinq cent soixante-dix titres environ) n'est qu'une petite partie des lectures préparatoires de Flaubert. Les manuels encyclopédiques Roret, modèles de la vulgarisation scientifique au XIXe siècle, y occupent une place de choix.

Flaubert fait un sort particulier au Nouveau manuel d'éducation physique, du Colonel Amoros. Il souligne, autant que la balourdise de Bouvard et Pécuchet, l'énormité et le comique involontaire de certains propos d'Amoros, pris au pied de la lettre, offrant là un exemple des "huîtres perlières de la bêtise humaine" chères à Raymond Queneau.