Madame Bovary est publiée en six livraisons dans la Revue de Paris entre le 1^er octobre et le 15 décembre 1856. Craignant la censure impériale qui surveille de près la Revue, les directeurs suppriment certains passages sans demander l'avis de Flaubert. Outré, il exige la publication d'une note de protestation, indiquant qu'il ne s'agit pas de la version intégrale. Ce remue-ménage alerte la censure impériale, qui suspend la publication en volume et attente un procès pour outrage aux bonnes mœurs et à la religion contre Pichat, le directeur de la Revue, Pillet, l'imprimeur, et Flaubert. Ce dernier se démène et mobilise ses relations pour obtenir des recommandations. Le procès s'ouvre le 29 janvier 1857. Flaubert engage un sténographe pour enregistrer le réquisitoire du procureur impérial, Ernest Pinard, et la plaidoirie de son avocat, maître Sénard. Le premier attaque — « L'offense à la morale publique est dans les tableaux lascifs que je mettrai sous vos yeux, l'offense à la morale religieuse dans des images voluptueuses mêlées aux choses sacrées » — en citant de nombreux passages. En réponse, Maître Sénard cite des auteurs classiques (Montesquieu) et contemporains (Mérimée) tout aussi « licencieux ». Surtout, il défend Flaubert comme un auteur réaliste : au lieu d'idéaliser son siècle, il aurait écrit « le tableau vrai de ce qui se rencontre le plus souvent dans le monde ». Le 7 février 1857, Flaubert et ses comparses sont acquittés et la publication en volume autorisée. Madame Bovary paraît chez Michel Lévy en avril 1857 dans sa version intégrale.
Le 20 août 1857, Baudelaire et son éditeur Poulet-Malassis sont condamnés pour outrage à la morale et aux bonnes mœurs, et plusieurs poèmes des Fleurs du Mal sont interdits de publication.