La rédaction de Salammbô s'étend du printemps 1857 à l'été 1862. La Bibliothèque nationale de France conserve sept volumes manuscrits de Flaubert consacrés à Salammbô, dont cinq de notes, brouillons et scénarios, et une copie du manuscrit définitif annoté par l'éditeur Michel Lévy.
Maniaque du style, Flaubert rature énormément ses pages. Il découpe aussi des passages pour les coller plus loin et cacher un passage trop caviardé. On voit ici une des versions manuscrites de l'incipit de Salammbô, avec déjà la première phrase si fameuse : « C'était à Mégara, faubourg de Carthage, dans les jardins d'Hamilcar. »