Les planches de l’Histoire naturelle sont en noir et blanc. Buffon justifie ainsi ce parti pris : « Dans les animaux quadrupèdes, un bon dessin rendu par une gravure noire, suffit pour la connaissance distincte de chacun, parce que les couleurs des quadrupèdes n’étant qu’en petit nombre et assez uniformes, on peut aisément les dénommer et les indiquer par le discours. » Il existe en revanche une édition illustrée de planches en couleurs de l’Histoire naturelle des oiseaux, dessinées par Martinet, car la couleur du plumage est un élément fondamental de l’identification des oiseaux.

L’illustration en noir et blanc, moins chère à produire, permet également une diffusion plus large, à un moindre coût. Même sans couleurs, la création de centaines de planches en noir et blanc a en effet un coût non négligeable, que Buffon ne peut acquitter que grâce au soutien royal. Linné, l’un des autres grands naturalistes du XVIII^e siècle, ne disposait pas de tels appuis, et ses ouvrages ne comportent quasiment pas de planches, non seulement pour des raisons de coût, mais aussi parce que son projet diffère de celui de Buffon : plus qu’une description, Linné propose une définition de l’espèce, à des fins de classification. L’illustration pose aussi la question de la singularité et de la généralité : l’illustration représente-t-elle une espèce entière ou un seul individu ? Les juristes résument ce problème dans la formule Testis unus, testis nullus : un témoin unique est un témoin sans valeur.