Au Moyen Âge, Dieu règne sur le savoir occidental. La connaissance est avant tout l’objet d’une révélation, conduite à la lumière des Écritures par les Pères de l’Église. Dès le V^e siècle, saint Augustin (354-430) définit les exigences et les limites d’une culture chrétienne éclairée par la foi dans un texte fondamental : De doctrina christiana. Les vérités qu’il rassemble seront enseignées durant tout le Moyen Âge et traduites en français au XIV^e siècle sous le titre La Cité de Dieu. La connaissance de la Nature, des êtres et des choses, est organisée d’après la hiérarchie du monde créé par Dieu. La description de l’univers physique ne compte pas davantage dans d’autres ouvrages : inventaires, bestiaires ou florilèges sont avant tout des miroirs où se reflète la perfection divine.
    

À partir du XII^e siècle, l’enseignement du savoir se déplace des monastères vers les villes. Les écoles de cathédrale, comme l’école de Chartres qui réhabilite Platon (428-348 av. J.-C.), tentent d’harmoniser philosophie du monde et théories de la connaissance. Au siècle suivant, la naissance de l’Université à Paris rend possible la confrontation de la raison et de la foi. Son programme d’études philosophique et théologique, appelé "scolastique", cherche à concilier le savoir profane et la foi révélée. Maîtres et étudiants débattent alors des thèses d’Aristote (384-322 av. J.-C.) à travers les commentaires d’Averroès (1126-1198). Les discussions sont passionnées, certains maîtres soutiennent la thèse de l’éternité du monde, niant ainsi la création.
    

Ces débats prennent une telle ampleur que l’évêque de Paris condamne l’aristotélisme en 1270 : au moment même où Roger Bacon (1214-1294), un des plus grands savants du Moyen Âge, précurseur de la science moderne, porte le premier coup à la scolastique universitaire. Son programme pose les bases d’une science expérimentale. Il ne parviendra pas à convaincre le pape d’inscrire cette science au programme de l’Université et devra écrire ses traités dans le secret. Il sera même emprisonné pour "innovations suspectes". Mais la méthode de l’enseignement scolastique est déjà remise en cause.