L'édition originale de l’Histoire naturelle, publiée par l'Imprimerie royale de 1749 à 1789, comprend 36 volumes in-quarto illustrés de gravures en mille-douce, la plupart dues à Jacques de Sève. Elle se divise en quatre séries : l’Histoire naturelle générale et particulière avec la Description du Cabinet du roi, 1749-1767, 15 vol. ; l’Histoire naturelle des oiseaux, 1770-1783, 9 vol. : les Suppléments à l’Histoire naturelle générale et particulière, 1774-1789, 7 vol. ; l’ Histoire naturelle des minéraux, 1783-1788, 5 vol.
De nombreuses autres éditions ont vu le jour, du vivant même de Buffon ; la plus connue est celle de l’Histoire naturelle des oiseaux (1770-1786), en 10 volumes grands in-quarto, illustrée en couleurs de 1 008 planches par François-Nicolas Martinet.
Après la mort de Buffon, Lacépède a publié les parties relatives aux cétacés, reptiles et poissons.