Rédigé à la Bastille du 23 juin au 8 juillet 1787, le récit des Infortunes de la vertu est le neuvième d'un ensemble de Contes. Les dates de rédaction, scrupuleusement notées en marge ou sur les cahiers, permettent de suivre la progression du texte : aux trois premières pages, écrites le 23 juin, succèdent quarante-huit pages rédigées en cinq jours (cahier 10), puis Sade continue à ce rythme d'une dizaine de pages par jour.
Prévu tout d'abord "court" et "sombre", sur le modèle d'un conte philosophique, le texte s'allonge et évolue vers le roman. Sade ne cesse d'opérer des ajouts, d'étoffer son récit, de retravailler sa narration. Justine ou les Malheurs de la vertu sera publié en 1791 et, en 1797, un second roman, La Nouvelle Justine ou les Malheurs de la vertu, sortira de la même veine.
Le manuscrit porte les traces de ces trois versions et des campagnes d'écriture successives, qu'il s'agisse des modifications apportées au moment de la rédaction du conte ou des augmentations et remaniements pour le transformer en roman. C'est un témoin précieux de la méthode de travail de l'écrivain, d'autant plus que ses propres annotations nous renseignent précisément sur ses nombreuses réécritures ; ainsi, sur le dixième cahier rédigé en cinq jours : "commencé à le mettre au net à mi-travail du 28 juillet et fini le 16 août, 19 jours".
Au feuillet 199, après avoir supprimé d'une croix le début du feuillet, Sade note en marge à droite : "Il me semble que ces lignes effacées peuvent se mettre", mais, finalement, ce passage ne sera pas retenu dans le roman. En revanche, la note en marge à gauche ("changes ce supplice la mettes les chiens") a été suivie, puisque Sade a récrit la scène pour Justine, en remplaçant la flagellation par des morsures canines.